第二集中,尼奥(
基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁母体,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于母体和真实世界的中间地带,这个地方由火车人控制。墨菲斯(
劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(
凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了火车人的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者机器大帝,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受母体控制的史密斯,以换取锡安的和平。在母体中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。